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1. WO2020182175 - METHOD AND SYSTEM FOR MERGING ALIGNMENT AND SORTING TO OPTIMIZE

Publication Number WO/2020/182175
Publication Date 17.09.2020
International Application No. PCT/CN2020/078908
International Filing Date 12.03.2020
IPC
G06F 16/383 2019.01
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
16Information retrieval; Database structures therefor; File system structures therefor
30of unstructured textual data
38Retrieval characterised by using metadata, e.g. metadata not derived from the content or metadata generated manually
383using metadata automatically derived from the content
C12Q 1/6869 2018.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
Applicants
  • HUAWEI TECHNOLOGIES CO., LTD. [CN]/[CN]
Inventors
  • ROODI, Meysam
  • LAK, Zahra
Priority Data
62/818,50714.03.2019US
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHOD AND SYSTEM FOR MERGING ALIGNMENT AND SORTING TO OPTIMIZE
(FR) PROCÉDÉ ET SYSTÈME DE FUSION D'ALIGNEMENT ET DE TRI À DES FINS D'OPTIMISATION
Abstract
(EN)
A processing unit performs alignment of a short read (SR) against a reference sequence. The reference sequence comprises a first sequence of base pairs (bps). The SR comprises a second sequence of bps. The processing unit determines whether the SR is aligned. If the SR is not aligned, the processing unit receives the next SR and processes the next SR by repeating. In response to the determination that the SR is aligned with the reference sequence at a first position in the reference sequence, the processing unit generates an SR metadata entry corresponding to the SR. The processing unit inserts the SR metadata entry to a linked list in a SR metadata collection. The position of the linked list in the SR metadata collection corresponds to the first position where the SR is aligned.
(FR)
Selon l'invention, une unité de traitement effectue un alignement d'une lecture courte (SR) contre une séquence de référence. La séquence de référence comprend une première séquence de paires de base (bps). La SR comprend une seconde séquence de bps. L'unité de traitement détermine si la SR est alignée. Si la SR n'est pas alignée, l'unité de traitement reçoit la prochaine SR et traite la prochaine SR par répétition. À la suite de la détermination que la SR est alignée sur la séquence de référence à une première position dans la séquence de référence, l'unité de traitement génère une entrée de métadonnées de SR correspondant à la SR. L'unité de traitement insère l'entrée de métadonnées de SR dans une liste liée dans une collection de métadonnées de SR. La position de la liste liée dans la collection de métadonnées de SR correspond à la première position où la SR est alignée.
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